Konflik keberislaman di Indonesia ternyata penting dikaji secara historis, tertutama peran Snouck Hurgronje, penasehat pemerintah Hindia Belanda. Kritik atas perannya pada akhir abad ke-19 dan awal abad ke-20 terutama penyelenggaraan haji di Nusantara penting diungkap. Hal ini karena, keberagamaan Islam bangsa Indonesia, beberapa kali terkoyak oleh aksi radikalisme yang tak bertanggung jawab. Aksi ini terus terjadi. Kedaulatan negara, rasa kebangsaan dan semangat ke-Islaman terus diuji, termasuk NU sebagai ormas yang menganut Islam  Rahmatan Lil Aalamiin. Melihat dampak gerakan radikal sangat memprihatinkan ini, Nahdlatul Ulama  lahirkan Islam Nusantara.